In 1943 helpt de gepensioneerde marinechef Bosun’s mate Steve “Boley” Boleslavski (Edward G. Robinson) bij het bouwen van de torpedobootjager John Paul Jones, de naamgenoot van het schip waarop hij diende in de Eerste Wereldoorlog, zonk in de strijd terwijl hij een vliegdekschip redde van torpedovorming. Wanneer hij erachter komt dat een oude scheepsmaat, luitenant-commandant Clark (Regis Toomey), de nieuwe kapitein van het schip is, keert hij terug naar de marine en krijgt een functie als chef aan boord van het schip.
Boley vervreemdt echter al snel de rest van de bemanning met zijn perfectionistische houding en onwetendheid over de moderne uitrusting van het schip, met name Mickey Donohue (Glenn Ford), die hij verving als leidende chef. Als gevolg hiervan presteren de bemanning en apparatuur van het schip slecht op de shakedown-cruise van de Jones. Boley wordt gedegradeerd voor het slaan van Donohue wanneer deze hem beledigt door de Jones te beledigen. Donahue wordt weer chef. Om de zaken nog ingewikkelder te maken, worden Donohue en Boley’s dochter Mary (Marguerite Chapman) verliefd en trouwen ze in het geheim.
Mary praat Donahue aan om Boley aan boord van de Jones te laten blijven, en hij raakt gewond bij het redden van bemanningsleden tijdens een brand. Boley zal herstellen, maar wordt uitgesloten van verdere zeedienst en gestuurd om zijn uitrusting op te halen. Vanwege de slechte vertoning heeft de Jones de opdracht gekregen om post te vervoeren naar Dutch Harbor, Alaska, en zijn ontevreden bemanningsleden vroegen om overplaatsingen naar gevechtsschepen. Boley keert terug net op het moment dat ze hun spullen aan het inpakken zijn en praat hen uit de overdracht met een opzwepend verslag van John Paul Jones’ epische revolutionaire oorlog met de HMS Serapis.
Een Japanse vloot wordt gespot die versterkingen naar hun garnizoen op Kiska Island probeert te brengen, en de bemanning van de Jones beantwoordt gretig het algemene bevel om samen te komen met de vijand. Hogere hoofdkwartieren veranderen minachtend hun orders en sturen ze naar de veilige haven van Sitka. Onderweg wordt de Jones aangevallen door zes vijandelijke vliegtuigen, die ze allemaal neerschieten, maar tijdens het gevecht worden getroffen door een torpedo. Wanneer een vijandige onderzeeër wordt gedetecteerd, moet het kreupele schip met zijn beste snelheid vluchten. Het slaagt erin om de aanval te ontwijken tot de nacht valt, maar door slagzij van het schip dooft zijn ketels en stoppen de motoren.
De kapitein heeft geen andere keuze dan het bevel te geven om het schip te verlaten. Boley krijgt de kans om met een paar vrijwilligers, waaronder Donohue, aan boord te blijven om te proberen het gat dicht te lassen. Hij slaagt vlak voor zonsopgang, wanneer de onderzeeër aanvalt. De torpedobootjager laat dieptebommen vallen, dwingt de onderzeeër naar de oppervlakte, ramt en laat hem zinken.
Wanneer het schip met veel bombarie aanmeert, hoort Boley dat Donohue met zijn dochter is getrouwd. Hij keert gewillig terug “naar de wal” nadat de bemanning zijn terughoudendheid heeft geuit om hem te zien gaan.
