Run Silent Run Deep is een oorlogsfilm die zich afspeelt in de Stille Zuidzee. Het gaat over een onderzeeboot tijdens de tweedewereldoorlog.
P.J. Richardson (Clark Gable) heeft een obsessie met de Japanse torpedobootjager die zijn vorige boot en drie anderen in de Straat van Bungo tot zinken had gebracht. Hij overtuigt de Navy Board om hem een nieuw onderzeebootcommando te geven met de bepaling dat zijn uitvoerend officier, ook bekend als de XO of de “exec”, iemand is die net terug is van een actieve zeepatrouille. Hij traint vastberaden de bemanning van zijn nieuwe boot, de USS Nerka, om terug te keren naar de Straat van Bungo en de torpedobootjager tot zinken te brengen, aangevoerd door een sluwe ex-onderzeeër, nu torpedobootjagerkapitein, bijgenaamd Bungo Pete. Richardsons uitvoerend officier, luitenant Jim Bledsoe (Burt Lancaster), maakt zich zorgen over de veiligheid van zijn boot en zijn bemanning. Bledsoe is ook ziedend van wrok tegen Richardson en de marineleiding omdat ze hem het bevel over de boot hebben ontzegd waarvan hij vindt dat het terecht van hem had moeten zijn.
Richardson begint de bemanning te boren op een snel boogschot, waarbij de onderzeeër schiet op een torpedobootjager die zich verplaatst voor de kill “door de keel” (d.w.z. op zijn boeg die frontaal komt), wat normaal gesproken als een wanhoopsschot wordt beschouwd vanwege het extreem smalle profiel van het doelwit. Vervolgens omzeilt hij één doel om het op te nemen tegen een Japanse torpedobootjager met behulp van het boegschot waarop ze hebben geboord. De bemanning wordt woedend wanneer blijkt dat Richardson ervoor kiest om alle legitieme doelen te vermijden om onopgemerkt de Straat van Bungo binnen te gaan, in directe tegenspraak met missiebevelen, waardoor de boot en zijn bemanning alleen maar in gevaar komen om de vernietigde onderzeeër te wreken. Kort nadat ze Bungo Pete hebben ingeschakeld, worden ze aangevallen door vliegtuigen die duidelijk op hun aanwezigheid waren geattendeerd en in een hinderlaag hadden gewacht. Ze worden gedwongen om te duiken en ontsnappen ternauwernood aan vernietiging door dieptebommen. Drie van de bemanningsleden worden gedood en Richardson loopt een schedelbreuk op die hem uitschakelt. Ze worden ook bijna getroffen door wat ze ten onrechte geloven dat een van hun eigen torpedo’s op hen terugkomt. Door dekens, uitrusting en de lichamen van de doden op te sturen, overtuigen ze de Japanners ervan dat de onderzeeër tot zinken is gebracht. Bledsoe gebruikt Richardsons onvermogen om het commando over te nemen en als excuus om terug te keren naar Pearl Harbor.
Terwijl ze luisteren naar Tokyo Rose die het zinken van hun boot verkondigt, zijn ze verbijsterd hoe de Japanners de bemanning van de boot konden identificeren. Later realiseren ze zich dat de Japanners hun afval aan het verzamelen zijn. Bledsoe realiseert zich dan bovendien dat de onderzeeër nu een echt voordeel heeft – de Japanners geloven dat ze tot zinken zijn gebracht en hun bron van inlichtingen is beëindigd – en keert terug naar de Straat van Bungo om te vechten tegen de Akikaze-torpedobootjager, die de onderzeeër verslaat om vervolgens opnieuw te worden onderworpen aan een mysterieuze torpedo.
Richardson leidt hieruit af dat het niet alleen de Akikaze was die de Amerikaanse onderzeeërs had vernietigd, maar een Japanse onderzeeër die samenwerkte met de torpedobootjager. Hij beveelt de boot in een duikvlucht te nemen, slechts enkele seconden voordat een Japanse torpedo voorbij schiet. De Amerikaanse onderzeeër dwingt vervolgens zijn tegenstander aan de oppervlakte en vernietigt het. De oudere onderzeebootschipper neemt zo wraak. De film eindigt met Richardson die sterft aan zijn hoofdwond en op zee wordt begraven.
