Heaven Knows, Mr. Allison is een DeLuxe Color CinemaScope-film uit 1957 die het verhaal vertelt van twee mensen die tijdens de Tweede Wereldoorlog zijn gestrand op een door Japan bezet eiland in de Stille Oceaan. In de Stille Zuidzee in 1944 ontschepen de Amerikaanse korporaal van de mariniers Allison en zijn verkenningsgroep uit een onderzeeër van de Amerikaanse marine wanneer ze worden ontdekt en beschoten door de Japanners. De kapitein van de onderzeeër wordt gedwongen te duiken en het scoutingteam achter te laten. Allison bereikt een rubbervlot en bereikt na dagen op drift een eiland. Hij vindt een verlaten nederzetting en een kapel met één bewoner: zuster Angela, een beginnende Ierse non die haar laatste geloften nog niet heeft afgelegd. Ze is nog maar vier dagen op het eiland, nadat ze met een oudere priester was gekomen om een andere geestelijke te evacueren, alleen om te ontdekken dat de Japanners als eerste waren gearriveerd. De bange inboorlingen die hen naar het eiland hadden gebracht, verlieten het paar zonder waarschuwing en de priester stierf kort daarna.
Even hebben ze het eiland voor zichzelf, maar dan arriveert een detachement Japanse troepen om een meteorologisch kamp op te zetten, waardoor ze zich in een grot moeten verstoppen. Wanneer zuster Angela de rauwe vis die Allison heeft gevangen niet kan verteren, sluipt hij het Japanse kamp binnen voor bevoorrading, waarbij hij ternauwernood detectie ontwijkt. Die nacht zien ze flitsen van marinekanonnen die worden afgevuurd in een zeeslag achter de horizon.
De Japanners verlaten onverwacht het eiland en Allison belijdt zijn liefde voor zuster Angela en stelt haar ten huwelijk. Maar ze laat hem haar verlovingsring zien en legt uit dat het een symbool is van haar aanstaande laatste heilige geloften. Later wordt Allison zowel uit feest als frustratie dronken van sake. Hij flapt eruit dat hij haar toewijding aan haar geloften zinloos vindt omdat ze vastzitten op het eiland ‘als Adam en Eva’. Ze loopt in een tropische regenbui en wordt daardoor ziek. Allison, nu nuchter en berouwvol, vindt haar rillend. Hij draagt haar terug, maar de Japanners zijn teruggekeerd, waardoor ze zich moeten terugtrekken in de grot. Allison sluipt het Japanse kamp binnen om dekens te halen. Hij doodt een soldaat die hem ontdekt en waarschuwt de vijand. Om hem in de openbaarheid te dwingen, staken de Japanners de vegetatie in brand.
Wanneer een Japanse soldaat de grot ontdekt, hebben Allison en zuster Angela twee keuzes: zich overgeven of sterven aan een handgranaat die erin wordt gegooid. Een daaropvolgende explosie is geen granaat, maar een bom; de Amerikanen zijn begonnen met het aanvallen van het eiland ter voorbereiding op een landing. Allison merkt op dat de landing niet gemakkelijk zal zijn, want toen ze terugkeerden, brachten de Japanners vier artilleriestukken mee en verborgen ze goed op het eiland.
In reactie op wat hij toeschrijft aan een boodschap van God, schakelt Allison de artillerie uit tijdens het spervuur dat aan de Amerikaanse aanval zal voorafgaan terwijl de Japanners nog in hun bunkers zijn. Hij is gewond, maar saboteert alle kanonnen door hun stuitblokken te verwijderen, waardoor veel Amerikaanse levens worden gered. Na de landing zijn de marineofficieren verbaasd over de ontbrekende stuitblokken.
Zuster Angela en de gewonde Allison nemen dan afscheid als de mariniers de bezetting beginnen. Allison heeft zich verzoend met zuster Angela’s toewijding aan Christus, hoewel ze hem geruststelt dat ze altijd nauwe ‘metgezellen’ zullen zijn. Na gevonden te zijn, wordt Allison door de mariniers overgebracht naar het schip, terwijl zuster Angela naast hem loopt.
